Als Thomaner galt das Leben des Martin Stephan bereits im Kindesalter der Musik.

Nach einem Studium in Eisenach ging er nach Weimar und belegte dort die Fächer  Orgel und Dirigieren an der Hochschule für Musik „Franz Liszt“. Dieses ergänzte er durch eine zusätzliche Ausbildung zum Carilloneur in Vilnius und Kaunas.

Seine künstlerische Laufbahn begann er mit einer Kapellmeisterstelle an den Städtischen Bühnen zu Erfurt. Anschließend übernahm er das Amt des Organisten an den Erfurter Museen sowie die des Carilloneur am Glockenspiel „Bartholomäusturm“.

1986 begann Martin Stephan seine langjährige Tätigkeit als Organist der Konzerthalle Ulrichskirche und bis 2002 als Carilloneur am Roten Turm  Halle/Saale. Von 1997 bis 2002 war er zudem Titularorganist an St. Georgen in Eisenach, der Taufkirche Johann Sebastian Bach.

Stephans Lehrtätigkeit fand ihren Anfang bereits während seiner Erfurter Zeit, allerdings an der Musikhochschule in Weimar, wo er von 1976 bis 1989 die Fächer Orgel, Dirigieren und Schulmusik unterrichtete und als Assistent des Kammerchores unter Prof. Gert Frischmuth diente.

Drei Jahre nach dem Wechsel nach Halle verlegte Stephan auch seine Lehrtätigkeit dorthin, an die Evangelische Hochschule für Kirchenmusik Halle mit den Fächern Orgel-Literatur, Improvisation und Chorleitung sowie der Leitung des Hochschulchores.

Im Jahre 2003 wechselte er erneut seinen Wirkungsort mit der Übernahme der Kantoren- und Organistenstelle an St. Nicolai in Westerland auf Sylt bis 2016.

Von dort aus unternimmt Martin Stephan auch Konzertreisen als Organist nach Frankreich, Italien, Belgien, Ungarn, Russland, Polen, das ehemalige Jugoslawien und die USA.

Innerhalb Deutschlands genoss Stephan auch die Zusammenarbeit mit dem Philharmonisches Staatsorchester Halle, heute Staatskapelle Halle.

Regelmäßig kehrt er während der Händelfestspiele an die Konzerthalle Ulrichskirche zurück.